上海市友协下设办公室、欧洲美洲工作处、亚洲非洲大洋州工作处、日本工作处等四个部门,拥有一批训练有素、经过国内外语言专业培训的精通英语、法语、德语、意大利语、西班牙语、俄语、日语、韩语、泰语等语种的外事人才。

    【办公室】 综合协调和督促检查协会的日常工作；负责信息、统计、会务工作及其他内部事务管理；负责与区、县对外民间交往组织及本市有关团体的联系；负责与国家及各省市有关单位的联系；协同开展对外民间交流：负责在沪常住外国友好人士工作的开展、组织、规划及协调工作；负责外国友好组织情况的收集、汇总、研究等工作；负责国内非政府组织开展对外友好交流活动；负责在沪常驻外国人友好工作的开展、组织规划及协调工作。

    【欧洲美洲工作处】 履行友协的工作职能。负责与欧洲、美洲的国家和地区对华友好团体、友好人士的民间友好交往。

    【亚洲非洲大洋州工作处】 履行友协的工作职能。负责与亚洲、非洲、大洋洲的国家和地区对华友好团体、友好人士的民间友好交往。

    【日本工作处】 履行友协的工作职能。负责与日本对华友好团体、友好人士的民间友好交往。